技術文章
TECHNICAL ARTICLES時間回到四月份的某個周五的晚上。一個折騰了學生很久的晶體結構,怎麽都解不出來。如果不看衍射圖,隻看hkl文件的話,數據確實看起來還不錯,分辨率也有0.9 A。然而即便是聽了我的非常規的晶體教學課,也始終找不到問題在哪裏,從晶胞到數據還原都是正常的。然而不管是哪個程序都找不到相位。所以回到了讓人很難回答的問題:為什麽我的數據很好,“還原"不出來結構?雖然我很欣慰地看到,終於有一些學生不再糾結一些數字,而是關注過程了。
既然從數據上看不出來什麽,那麽好色先生TV免费下载來看看源頭:晶體吧。
良品
我自信地認為,這個晶體的測試也就是分分鍾的事情。晶體很大,六棱柱的樣子,但黯淡地發著淡黃色的光芒(晶體照片已不幸遺失)。有些想吐槽:實在不理解,為什麽要讓晶體幹掉。但晶體的衍射能力還在,隻是衍射點彌散的厲害,推測應該是失去溶劑後的晶格堆積扭曲,亦或是晶體本身就是這德性。衍射圖案隻是反映了當前的晶體的狀況,但無從考究根本原因。一個廚師的原則是,有什麽食材就隻能做什麽菜。然而這個看似簡單的晶體著實把我拖住了。除了衍射點形狀較差,其它都看起來非常正常。晶體表觀上Rhombohedral R的晶係。數據還原,校正,空間群分析都沒有什麽太大的毛病。然而結構解析始終得不到有效的相位。
▲圖1 沒有什麽反常的過程的良品
這反而激起了我的好奇心。為什麽呢?看起來很正常,但我就是覺得哪裏有點不對。這個晶體真的是Rhombohedral R 的麽?亦或是單斜C的贗缺麵孿晶?然而即便降低了晶係,也沒有得到什麽有用的結構信息。能試的都試了,依然無解。
既然用D8 VENTURE 測試的速度足夠快,那就多做兩個看看有什麽不同吧。畢竟分析數據的時候,機器可以做自己的事情。然而一連做了7個晶體也沒有發現什麽不同。但我相信衍射好的晶體,結構解析不出,總歸會有原因,隻是還沒找到。
次品
好晶體挑得差不多了。這時一顆偏光鏡下看起來孿的晶體成為了一個死馬當活馬醫的選項。擺爛了?就當是吧。
然而所有的疑惑都在這顆孿晶上得到了解決。意想不到的結果出現了。
清晰的孿晶衍射點,然後Determine Unit Cell 告訴好色先生TV免费下载這是單斜C的孿晶。
▲圖2 次品的對稱破缺後的答案
不出意料這是個三重孿晶,晶體之間旋轉120°。也就是說,這顆晶體和之前的晶體並沒有什麽特別的不同,隻不過由於角度亦或是其它晶體處理的原因,三顆晶體並沒有貼合在一起,它們之間的角度偏離了一些,使得衍射點得以分開,更重要的是比例也不是1:1:1 (為什麽我想起了某廣告詞…)。
問題找到了,結構解析也就順利地得以完成。
返回去秋後算賬
此時,時間已經過去兩個多小時,實驗室裏隻有收數據的D8 VENTURE還在收集著這個孿晶。但我果斷地停掉了,讓勞累了一晚上的夥計休息下吧。為什麽呢?
雖然這個數據能夠解析結構,但數據處理著實不怎麽理想,重疊的比例較高,分辨率也不怎麽理想。之前測過的7個晶體是不是就沒用了呢?自然不是。挑出裏麵好的一個數據(主要是分辨率,可不是什麽Rint…),按照正確的晶係進行處理,結果用孿晶的方式精修,得到的結果自然也提升了很多。而孿晶的比例也是符合推測,接近於1:1:1。
所有的結果和理論上的分析吻合,終於閉環了。安心過周日了。
從"次品“到"關鍵“
讀讀文獻,其實好色先生TV免费下载會知道晶體,甚至是輻射損傷都可以幫助好色先生TV免费下载進行結構解析。傳統觀念中,晶體具有規則的外形、均勻的內部結構和良好的結晶度。這些特征能夠產生清晰、銳利的衍射圖譜,從而為結構解析提供有力的依據。但實際情況並非總是如此簡單。較差的晶體,往往存在著大量的缺陷、位錯和雜質。這些看似不利的因素,卻為結構解析帶來了一些優勢。比如某些缺陷可能導致晶體局部的對稱性降低,從而使得原本隱藏在高對稱性下的結構特征得以顯現。
好色先生TV免费下载總習慣用標準要求很多東西,不符合標準,好聽的叫次品,不好聽的稱為垃圾。然而標準是誰定的?其實也許那些曾經被視為“次品"的晶體,才是解決問題的關鍵。
慢下來和快並不矛盾。慢下來是為了摸索,快是為了節約摸索過程中的無謂地等待時間。
後記:寫完了才發現,幾年前寫過類似的東西,隻不過那次的運氣好,很快發現了問題。這次概率上確實不怎麽幸運。
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